Ph.d.-stipendium " Identifikation af T celle epitoper ved hjælp af "single cell transcriptomics"; et nyt redskab til kortlægning af immunresponser mod f.eks. infektioner."

Vi udbyder ovennævnte ph.d.-stipendium i avanceret eksperimental immunologi med start 1. marts 2026 eller så snart som muligt derefter.

Vores gruppe og forskning

Velkommen til vores unge og dynamiske forskningsgruppe indenfor avanceret eksperimentel immunologi. Vi er et passioneret og dedikeret team af 8-10 forskere, laboranter og studerende, som er engagerede i at udvikle nye måder til at forstå hvordan immunsystemet ser biologiske trusler. Vores primære fokus er at forstå hvordan T celler, en af de centrale aktører i det cellulære immunsystem, finder og reagerer på respiratoriske virusinfektioner, og at udnytte denne forståelse til at udvikle nye vaccinationsprincipper. Dit arbejde vil således bidrage til at bekæmpe et af verdens mest udfordrende og presserende sundhedsproblemer, infektioner.

Vores mission:

Gennem forskning, samarbejde og kreativitet ønsker vi gøre en varig forskel på sikringen af global sundhed. Vores mission er at forstå hvad det cellulære immunsystem genkender på populationsniveau og at søge denne viden anvendt i udvikling af nye vaccinationsprincipper. Udnyttelsen af T-celler til at opdage og overvåge immunresponser kan få stor betydning for både pandemiberedskab og udviklingen af effektive vacciner. Selv om udviklingen af kunstig intelligens, som kan forudsige hvad T celler genkender, har været et stort fremskridt, så er man stadig langt fra at kunne forstå og udnytte cellulære immunresponser på populationsniveau. Der er derfor et stort behov for udviklingen af eksperimentelle metoder til at identificere T-celle-epitoper i stor skala og i mange forskellige populationer. I dette projekt vil vi udnytte at det cellulære immunsystems naturlige måde at genkende fremmed på foregår gennem enkeltcelle-interaktioner mellem antigenpræsenterende celler (APC'er) og T-celler. Ved at transducere APC'er med komplette, overlappende peptidbiblioteker og anvende enkeltcelle-sekventering kan vi direkte identificere de antigene peptider og samhørende HLA-restriktionselementer, som genkendes af specifikke T-celler. Denne måde at betragte det cellulære immunsystem på åbner op for en hurtig og omfattende enkeltcelle-baseret kortlægning af T-celle-epitoper hos ethvert individ og for ethvert patogen.

Metoder og projektbeskrivelse:

Projektet har til formål at udvikle og anvende en strategi, der muliggør direkte identifikation af T-celle-epitoper gennem enkeltcelle-analyse af antigenpræsenterende celler (APC'er), som genkendes af specifikke T-celler. Først etableres fænotypiske og transkriptomiske signaturer, der gør det muligt på enkeltcelleniveau at identificere APC'er, som er blevet genkendt af T-celler – og som derfor må bære de peptid–HLA-komplekser, der udgør de relevante T celle epitoper. Dernæst genereres omfattende oligonukleotidbiblioteker, der koder for overlappende peptider, som tilsammen repræsenterer proteomerne fra de udvalgte mikroorganismer. Disse indsættes i lentivirale vektorer og anvendes til at transducere HLA-typebestemte, donorafledte APC'er under betingelser med lav infektionsgrad (MOI), så hver celle kun udtrykker ét eller ganske få af disse peptider. De transducerede APC'er samkultiveres herefter med T-celler fra samme donor – enten efter en naturlig infektion eller før og efter vaccination. Ved hjælp af enkeltcelle-sekventering og de etablerede signaturer identificeres de APC'er, som er blevet genkendt af T-cellerne. De tilsvarende integrerede oligonukleotidsekvenser bestemmes for at afdække, hvilke mikrobielle peptider der indeholder de genkendte epitoper. Disse data analyseres med NetMHC-prædiktorer for at udlede de optimale epitoper og deres HLA-restriktionselementer, hvorefter disse peptide-HLA specificiteter eksperimentelt verificeres gennem fremstilling og test af peptid–HLA-multimerer.

Professionel udvikling: Vi understøtter de praktiske og videnskabelige udviklingsmuligheder for alle medlemmer af vores gruppe og tilbyder muligheder for professionel udvikling, deltagelse i konferencer og publikationer.

Vigtige ansvarsområder:

Cellulær immunologi, herunder kendskab til og praktisk erfaring med opbevaring og dyrkning af relevante immunologiske celler, T celler og APC'er, fra humane forsøgspersoner og fra experimentelle murine dyresystemer

Cellulær immunologi, herunder kendskab til og praktisk erfaring med flowcytometrisk analyse af immunologiske celler fra human forsøgspersoner og fra experimentelle murine dyresystemer, og disse cellers responser

T cell epitope discovery, herunder kendskab til og praktisk erfaring med T celle epitop discovery, design at peptidbiblioteker repræsenterende mål proteiner og proteomer, stimulation af T celler med disse peptidbiblioteker, identifikation og verifikation af stimulatoriske peptider gennem f.eks. flowcytometrisk analyse

Peptid-MHC interaktioner, herunder kendskab til og praktisk erfaring med peptid-MHC forudsigelser både for MHC klasse I og II, og tolkning af disse forudsigelser herunder udvælgelse af peptider til efterfølgende syntese og analyse

Peptid-MHC interaktioner, herunder kendskab til og praktisk erfaring med måling af peptid-MHC interaktioner

Peptid-MHC multimere, herunder kendskab til og praktisk erfaring med anvendelsen af recombinante MHC molekyler til at lave peptid-MHC monomer komplekser, inkubation med fluorescens-mærkede streptavidiner med henblik på peptide-MHC multimer dannelse, endelig inkubation med relevante (gerne ex vivo opnåede) T celler med henblik på farvning af disse celler, optælling, og fænotypisk/funktionel karakterisering

Vores samarbejdsmiljø:

Projektet gennemføres i et samarbejde med kolleger fra vores afdeling. Dette samarbejde er afgørende for udviklingen af innovative tilgange til T cell epitope discovery. Som en del af vores team vil du arbejde i krydsfeltet mellem forskning og udvikling og bidrage til at analysere den samlede T celle genkendelse i relevante infektioner/vaccinationer både humant og i dyremodeller.

Hvad vi søger:

Vi søger en passioneret, detaljeorienteret ph.d.-studerende med en stærk interesse i cellulær immunologi. Den ideelle kandidat bør være ivrig efter at lære, bidrage til et samarbejdsmiljø og have en dedikation til videnskabelig ekspertise.

Hovedvejleder er: Professor Søren Buus, Institut for Immunologi og Mikrobiologi, ,

Start: Dato 1. marts 2026

Varighed: 3 år som ph.d.-studerende

Jobbeskrivelse

Dine nøgleopgaver som ph.d.-studerende på SUND er:

• Gennemførelse af et uafhængigt forskningsprojekt under vejledning.

• Afslutning af ph.d.-kurser eller anden tilsvarende uddannelse svarende til ca. 30 ECTS-point.

• Deltagelse i aktive forskningsmiljøer herunder indgå i et ophold ved et andet forskerteam.

• Opnåelse af erfaring med undervisning eller andre former for formidling relateret til dit ph.d.-projekt

• Undervisning og formidling af din viden.

• Skrivning af en ph.d.-afhandling på grundlag af dit projekt

Vigtige kriterier for vurdering af ansøgere

Ansøgere skal have kvalifikationer svarende til en kandidatgrad relateret til projektets emneområde (dvs. en kandidatgrad i Immunologi og Inflammation, eller tilsvarende uddannelse). Bemærk, at din kandidatgrad skal være ækvivalent med en dansk kandidatgrad (to år).

Andre vigtige kriterier er:

• Ansøgere skal have opnået en grad, der svarer til en dansk kandidatgrad eller tilsvarende kvalifikationer. Ansøgere skal som minimum have opnået 10 i gennemsnit på kandidatniveau (7-trinsskala) samt karakteren 10 eller derover for specialet.
• Professionelle kvalifikationer (se vigtige ansvarsområder ovenfor), som relevante for ph.d.-projektet, herunder
• Kendskab til og erfaring med celledykning
• Kendskab til og erfaring med flowcytometrisk analyse af immunologiske responser
• Kendskab til og erfaring med T cell epitope discovery
• Kendskab til og erfaring med peptid-MHC interaktionsforudsigelser og analyse
• Kendskab til og erfaring med peptid-MHC interaktionsmålinger
• Kendskab til og erfaring med peptid-MHC multimer produktion og analyser af specifikke T celle responser med samme
• Erfaring og tilladelse til at arbejde med forsøgsdyr (dvs en FELASA tilladelse)
• Evt. tidligere publikationer med relevans for projektet.
• Relevant arbejdserfaring, såsom konkret erfaring med samtlige ansvarsområder angivet ovenfor
• En nysgerrig indstilling med en stærk interesse i immunologi, T celler, T celle epitoper
• Sprogfærdigheder i engelsk, både mundtligt og skriftligt.

Ansættelsessted

Ansættelsesstedet er ved Laboratorium for Eksperimentel Immunologi på Institut for Immunologi og Mikrobiologi, Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet, Københavns Universitet. Vi tilbyder kreative og stimulerende arbejdsforhold i et dynamisk og internationalt forskningsmiljø. Vores forskningsfaciliteter inkluderer moderne laboratorier og state-of-the-art faciliteter for arbejde med cellulær immunologiske analyser, single-cell analyser, produktion af recombinante proteiner (herunder til peptid-MHC tetramer produktion). Fakultetet huser mange kernefaciliteter, der kan understøtte dig i dit projekt.

Ansættelsesvilkår

Den gennemsnitlige ugentlige arbejdstid er 37 timer om ugen.

Stillingen er en tidsbegrænset stilling begrænset til en periode på 3 år. Startdatoen er 1. marts 2026 eller efter aftale.

Ansættelsen er betinget af, at ansøgeren succesfuldt indskrives som ph.d.-studerende ved Graduate School på Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet, Københavns Universitet. Dette kræver indsendelse og accept af en ansøgning for det specifikke projekt formuleret af ansøgeren inden startdato.

Ph.d.-studiet skal gennemføres i overensstemmelse med Bekendtgørelsen om ph.d.-uddannelsen og Fakultetets regler for opnåelse af graden.

Løn, pension og ansættelsesvilkår er i overensstemmelse med aftalen mellem Skatteministeriet og Akademikerne i staten. Afhængigt af anciennitet starter den månedlige løn på ca DKK (November 2025-niveau) plus pension.

Spørgsmål

For specifik information om ph.d.-stipendiet, kontakt venligst hovedvejlederen.

Generel information om ph.d.-studier på Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet er tilgængelig på Graduate School's hjemmeside:

Ansøgningsprocedure

Din ansøgning skal indsendes elektronisk ved at klikke på 'Ansøg nu' nedenfor. Ansøgningen skal indeholde følgende dokumenter i PDF-format:

1. Motiveret ansøgningsbrev (maks. en side)

2. CV inkl. uddannelse, erfaring, sprogkundskaber og andre færdigheder relevante for stillingen

3. Bekræftet kopi af original masterdiplom og karakterudskrift på originalsproget, inklusive en autoriseret dansk oversættelse, hvis udstedt på andet sprog end dansk. Hvis ikke afsluttet, accepteres en bekræftet/underskrevet kopi af en nylig karakterudskrift eller en skriftlig erklæring fra institutionen eller vejlederen. Som forudsætning for ansættelse som ph.d.-stipendiat skal din kandidatgrad være ækvivalent med en dansk kandidatgrad. Vi opfordrer dig til at læse mere i vurderingsdatabasen: Bemærk, at vi måske beder dig om at få en vurdering af din uddannelse udført af Uddannelses- og Forskningsministeriet

4. Publikationsliste (hvis muligt)

Ansøgningsfrist: 19. november 2025, 23.59 CET

Vi forbeholder os retten til ikke at tage materiale modtaget efter deadline i betragtning og ikke at tage ansøgninger, der ikke lever op til de ovennævnte krav, i betragtning.

Den videre proces

Efter ansøgningsfristens udløb vælger den autoriserede rekrutteringschef ansøgere til vurdering på råd fra ansættelsesudvalget. Alle ansøgere får derefter straks besked om, hvorvidt deres ansøgning er gået videre til vurdering af en upartisk bedømmer.

Bedømmerne laver en ikke-prioriteret vurdering af de akademiske kvalifikationer og erfaring med hensyn til det ovennævnte forskningsområde, teknikker, færdigheder og andre krav opført i annoncen.

Når vurderingsarbejdet er afsluttet, har hver ansøger mulighed for at kommentere den del af vurderingen, der relaterer til ansøgeren selv.

Du finder information om rekrutteringsprocessen på:

Ansøgerne vil blive vurderet i overensstemmelse med Ministeriets bekendtgørelse nr. 242 af 13. marts 2012 om ansættelse af videnskabeligt personale ved universiteter.

Københavns Universitet ønsker at afspejle samfundets diversitet og opfordrer alle kvalificerede kandidater til at ansøge uanset personlig baggrund.

Københavns Universitet giver sine knap medarbejdere muligheder for at udnytte deres talent fuldt ud i et ambitiøst, uformelt miljø. Vi sikrer traditionsrige og moderne rammer om uddannelser og fri forskning på højt internationalt niveau. Vi søger svar og løsninger på fælles problemer og gør ny viden tilgængelig og nyttig for andre.

Søren Buus

E-mail:

Ansøgningsfrist:

Ansættelsesdato:

Arbejdstid: Fuldtid

Afdeling/Sted: Department of Immunology and Microbiology